Secara umum, program kegiatannya terdiri dari program rutin dan pengembangan yang diselenggarakan waktu subuh dan maghrib. Kajian kitab kuning dan pembelajaran lainnya dilaksanakan pukul 20.00-21.00 pada hari yang ditentukan dengan mempertimbangkan jadwal kegiatan semester kampus (kolaboratif).
Program rutin meliputi shalat subuh berjamaah, diikuti mujahadah bersama, mendoakan keluarga yang sudah meninggal, mendoakan orang tua dan keluarga yang masih hidup agar senantiasa sehat walafiat, panjang umur yang berkah, diberikan rezeki yang banyak, halal, dan toyyib, serta dikabulkan semua hajatnya.
Di samping itu, santri akan dibekali motivasi fajar dibingkai dengan tausiyah amar ma'ruf nahi mungkar (materi tafsir tarbawi dan hadis kependidikan). Santri kemudian dapat melakukan aktivitas harian mandiri dan mengikuti kegiatan perkuliahan masing-masing.
Di waktu maghrib, santri mengikuti jamaah shalat maghrib dilanjutkan tawassul ahlussunnnah wal-jama'ah dengan bersenandung Asma'ul Husna dan tahsin Al-Qur'an secara sima'ah bersama-sama. Santri dapat saling mendengarkan dan membenarkan bacaan Al-Qur'an apabila ada kesalahan makhroj atau tajwidnya.
Kegiatan mengaji kitab kuning (Fiqhunnisa', Akhlak lil banat, Ta'lim muta'allim, Tafsir jalalain, Hadis sohih Bukhori Muslim, dll) dilaksanakan pukul 20.00-21.00 pada hari yang ditentukan dengan mempertimbangkan jadwal kegiatan kampus setiap semesternya. Santri juga didukung untuk mengembangkan potensi dan keterampilannya dalam beberapa program pengembangan. Pembelajaran bahasa Inggris adalah salah satu program pengembangan unggulan PP Mahasiswi Al-Hidayah.
Materi bahasa Inggris ini dapat menjadi suplemen tambahan yang membantu mahasantri dalam tes TOEFL, CEPT, atau sejenisnya sebagai salah satu syarat pendaftaran ujian skripsi. Selain itu, ada latihan manajerial pesantren dengan re-evaluasi regulasi diri dan pembelajaran public speaking serta kajian fikih kontemporer. Terdapat materi motivasi terkait aspek sosial kemasyarakatan dengan praktik muhadloroh.
Praktik berpidato/muhadloroh dilaksanakan sepekan satu kali, bergantian terjadwal. Pada saat tertentu mahasantri dilatih praktik ceramah kepada masyarakat di dusun setempat bersama pengasuh pesantren. Harapannya, visi misi pondok Al-Hidayah dapat direalisasikan melalui praktik program-program ini.